根据主要职责，县农业局设16个内设机构：
（一）办公室（加挂“综合调研室”牌子）
负责文电、会务、机要、档案、督查等机关日常运转工作；承担安全、保密、信访、宣传、接待、计划生育和后勤服务工作；承担政务公开和重大突发事件应急综合管理工作；牵头协调本系统和农业行业安全生产；承担人大代表建议和政协委员提案办理工作；负责本系统重大事项和决定的督办工作。
承担全县农业、农村工作的协调和综合工作，组织研究全县农业、农村发展和改革中的问题，提出农业、农村发展和改革的政策建议，指导农村发展和改革工作；起草农业和农村工作方面的重要文件和综合性材料；会同有关部门指导和组织实施农业、农村工作的考核评价；负责收集、综合、反映农业农村工作动态与信息。
（二）法制股(加挂“行政审批办公室”牌子)
组织拟订全县农业、农村经济发展的政策草案，承办农业农村法律法规及规章的贯彻落实和执法监督工作，指导农业农村行政执法体系建设，推进农业依法行政；承担局机关规范性文件、重大行政决策的合法性审核工作；开展行政执法监督检查，监督和指导农业行政执法和重大案件的查处；组织重大行政处罚案件听证，负责行政复议工作和行政应诉工作；组织实施农业农村法制宣传培训和普法工作，为农业生产经营者提供法律指导与服务；承担本局机关民事诉讼和非诉讼法律事务。
（三）发展计划股（加挂“县农业资源区划办公室”、“外经外贸股”牌子）
拟订农业农村经济发展规划、项目规划和年度计划并监督实施；提出全县农业固定资产投资规模、方向和县级财政性资金安排建议，按法定权限审批、核准县规划和计划内固定资产投资项目；拟订农业开发规划并监督实施；承办组织实施农业综合开发项目的有关工作；组织农业资源区划和遥感监测；配合做好行业扶贫等有关工作。组织开展农业贸易促进和有关经济、技术交流与合作，负责农业对外援助和接受农业援助工作，配合有关部门协调农产品出口事务。
（四）县域经济发展股（加挂“新农村建设股”牌子）
会同有关部门研究提出城乡经济社会发展一体化体制机制改革的建议，指导协调县域经济发展，研究提出县域经济发展的政策与规划建议，抓好县域经济情况综合和典型推介，会同有关部门组织县域经济年度考核工作，参与农村小城镇规划和建设的有关工作，配合有关部门指导农业劳动模范管理工作。
指导协调新农村建设，研究提出新农村建设的政策与规划建议，抓好新农村建设示范工作，会同有关部门组织开展新农村建设考核、农村人居环境整治工作和美丽乡村创建工作，参与指导农村全面小康建设和农村社会事业发展工作。
（五）农村经营管理股
提出稳定和完善农村基本经营制度的政策建议；指导农村土地承包、耕地使用权流转和承包纠纷调解、仲裁管理；提出家庭农场、农民合作组织等农业新型经营主体发展的政策措施建议；指导、扶持农业社会化服务体系建设与发展；指导村级集体经济发展和农村集体经济组织建设、资产财务管理和审计；负责宣传贯彻减轻农民负担的法律法规和政策；参与审核涉及农民负担的政策文件和涉及农民负担的项目；监测农民负担情况，监督减轻农民负担和村民“一事一议”筹资筹劳管理工作，检查监督惠农政策的落实；组织查处涉及农民负担的重大案件。
（六）市场与经济信息股
提出大宗农产品和重要农业生产资料的流通及价格政策建议；拟订农业农村经济信息体系、大宗农产品市场体系建设规划并组织实施；监测分析农业和农村经济运行，负责农业信息统计有关工作，采集、整理、上报农业和农村经济信息；指导农业农村信息服务；组织指导培育、保护和发展农产品品牌有关工作；负责农情网络建设与管理。
（七）科技教育股（加挂“生物安全监督管理办公室”牌子）
会同有关部门组织实施科教兴农战略，拟订并指导实施农业生态建设规划，组织指导农业科技创新体系、产业技术体系建设农业科研、技术引进、成果转化和推广工作；指导协调农民教育培训和农业教育工作，培育新型职业农民、组织农民从业技能和农村劳动力就地就近就业培训工作；承担农业植物新品种保护和农业转基因生物安全监督管理工作；承担指导农用地、宜农滩涂、宜农湿地、农业生物物种资源的保护和管理工作；指导农业面源污染治理有关工作，负责农产品产地安全分类管理，指导生态农业、循环农业等发展，承办外来物种管理的相关工作。
（八）农村可再生能源股
参与拟订农村可再生能源发展规划、计划、政策并指导实施，承担指导农村可再生能源开发利用的工作，指导农业生物质产业发展和农业农村节能减排，参与拟订和指导实施有关农村能源建设技术和产品标准，指导、协调全县沼气生态农业建设。
（九）粮油作物股
拟订粮油作物发展的政策、规划、计划并组织实施，指导种植作物结构和布局调整、标准化生产工作；承担耕地质量管理和发展节水农业的相关工作，监测、发布农情信息，组织抗灾救灾，负责救灾化肥等生产资料的储备和调拨，提出生产救灾资金安排建议，指导灾后生产恢复；承担肥料、农药登记及监督管理的有关工作；承办县内和农业植物检疫的有关事宜，组织植物检疫性有害生物的普查，承办农作物重大病虫害防治事宜。
（十）经济作物股
拟订经济作物发展的政策、规划、计划并组织实施，指导经济作物种植结构和布局调整、标准化生产工作；组织协调“菜篮子”工程，组织协调城镇蔬菜生产工作，参与组织城镇蔬菜流通工作；指导食用菌产业发展。
（十一）农业产业化指导股（加挂“农产品加工发展指导股”牌子）
拟订全县农业产业化经营的发展规划与政策并组织实施；负责全县农业产业化统筹协调和综合管理,指导全县农业产业化经营；指导协调休闲农业发展；参与指导农产品物流业发展。
拟订促进全县农产品加工业发展的政策、规划、计划并组织实施，指导农产品加工业结构调整、技术创新和服务体系建设，指导农业产业化龙头企业发展和农产品加工作园区建设。
（十二）农产品质量安全监管股
负责农产品质量安全监督管理的有关工作；组织开展农产品质量安全风险评估；监督实施农产品及相关农业生产资料国家标准；负责农产品质量安全监测和信息上报工作；组织、指导全县农产品质量安全监督体系建设和乡（镇）农业技术推广中心农产品质量监管站管理和考核工作；负责与县检验检测中心对接相关工作；承担依法实施符合安全标准的农产品认证申报和监督管理的有关工作；承担畜禽屠宰的监管工作。
（十三）种子管理股
拟定全县农作物种业发展的政策、规划并组织实施；组织实施农作物种质资源保护和管理；承担法定权限内农作物种子（种苗）行政审批及监督管理的有关工作；组织实施农作物新品种展示示范；负责农作物种子质量监督管理；组织救灾备荒种子的储备和调拨。
（十四）财务股
提出扶持农业、农村发展的财政、信贷、保险等有关政策和项目安排建议并指导实施；编报本部门预算并组织执行;指导监督本系统财务、国有资产、政府采购管理工作；组织开展内部审计。
（十五）政策性农业保险办公室
拟订全县政策性农业保险工作实施方案；研究探索其它农作物政策性保险工作，扩宽承保范围；承担勘查定损工作；指导农业政策性保险理赔工作；监督实施政策性农业保险工作考核机制。
（十六）政工人事股（加挂“离退休人员管理服务股”牌子）
负责本局机关和直属单位的人事管理、机构编制和队伍建设等工作；承担农业职业技能开发工作；拟订农业农村人才队伍建设规划和有关政策并组织实施；会同有关主管部门依法实施农业农村人才专业技术资格和从业资格管理。
负责局机关离退休人员管理服务工作，指导直属单位离退休人员管理服务工作。